W 1939 roku w przygotowaniach do obrony, na skraju Kobióra saperzy zaczęli budować umocnienia. Przygotowywano zawały leśne, zasieki z drutu kolczastego, kopano okopy. Pluton saperów zakwaterowano na terenie tartaku. W obronie Kobióra zginęło 13 polskich żołnierzy, a 42 zostało rannych. Po wycofaniu się żołnierzy z terenu Kobióra, do miejscowości wkroczyli Niemcy i zamordowali bezbronnych mężczyzn, spalono domy, wzięto zakładników, których przetrzymywano w więzieniu. Z chwilą wejścia do Kobióra Wehrmachtu zaczęto organizować niemiecki urząd gminy. W czasie okupacji większość kobiórzan znalazła się na liście narodowości niemieckiej. Resztę mieszkańców pozbawiono praw obywatelskich i majątku. Krwawe wydarzenia zniechęcały do podejmowania działalności konspiracyjnej, mimo to istniały tu zaczątki organizacji podziemnych. Niemal wszyscy wermachtowcy pochodzący z Kobióra, którzy dostali się do niewoli na froncie zachodnim służyli później w Polskich Siłach Zbrojnych. Uczestniczyli w walkach we Włoszech, Francji, Belgii, Holandii, Niemczech.