W sierpniu 1944 r. utworzona została Rejonowa Komenda Uzupełnień w Białymstoku. Komendantem RKU został – ppor. Sęk-Sękowski. Zasięg Rejonowej Komendy Uzupełnień obejmował miasto Białystok, powiat białostocki i sokólski oraz Mońki, Dąbrowę Białostocką aż po linię frontu, który tworzył się nad rzekami Biebrzą i Narwią.
W lipcu 1945 r. nastąpiła reorganizacja RKU, która została przemianowana na Wojskową Komendę Rejonową.
28 lutego 1967 r. powołany został do życia Miejski Sztab Wojskowy, w skład którego wchodziło WRK Białystok-Miasto i wydział operacyjno-szkoleniowy OPBMar, którego zadaniem było przygotowanie obrony terytorialnej miasta Białegostoku. Szefem MSzW był ppłk Edward Korolczuk. Do zadań MSzW należało, oprócz dotychczasowych zadań wykonywanych przez WKR, organizowanie obrony administrowanego terenu z jednoczesnym koordynowaniem szkolenia obywateli z zakresu powszechnej samoobrony na wypadek konfliktu zbrojnego.
Na podstawie zarządzenia Szefa Sztabu Generalnego z dnia 31 maja 1975 r. oraz zarządzenia Szefa Sztabu WOW z dnia 4 czerwca 1975 r. Miejski Sztab Wojskowy Białystok został z dniem 1 lipca 1975 r. przeformowany na Wojskową Komendę Uzupełnień Białystok.
W 2004 r.