Po tym czasie obydwie platformy startowe były zajęte przez wahadłowce jednocześnie.
Data startu wahadłowca była zaplanowana na 15 października 2008 roku, została jednak bezterminowo odłożona po niespodziewanej awarii teleskopu w dniu 28 września 2008 roku, która wstrzymała prowadzenie przez niego obserwacji naukowych. Na początku grudnia NASA ustaliła nową datę startu, który odbył się 11 maja 2009 roku.
Załoga źródło 31 października 2006 roku NASA ogłosiła skład załogi na misję STS-125: Scott D. Altman (4) – dowódca Gregory C. Johnson (1) – pilot Michael T. Good (1) – 1 specjalista misji K. Megan McArthur (1) – 2 specjalista misji John M. Grunsfeld (5) – 3 specjalista misji Michael J. Massimino (2) – 4 specjalista misji Andrew J. Feustel (1) – 5 specjalista misji (liczba w nawiasie oznacza liczbę lotów odbytych przez każdego z astronautów)
W skład załogi wchodziło trzech astronautów, którzy brali udział w poprzednich naprawach HST. Altman brał udział w misji STS-109 w 2002 roku jako dowódca. Astronom Grunsfeld naprawiał Hubble’a dwa razy oraz brał udział we wszystkich pięciu spacerach kosmicznych podczas misji naprawczej STS-103 w 1999 roku.