Historia thumb|Dokument z dekretem biskupa krakowskiego Bodzanty z 1360 r. w Muzeum na Zamku w Niepołomicach O historycznej przeszłości miasta mówią stare kroniki Jana Długosza, Marcina Bielskiego i Bartosza Paprockiego, zapiski archiwalne, rachunki dworu królewskiego, dowody wizytacji krakowskich biskupów oraz historyczne zabytki – zamek królewski i kościół.
Początki Niepołomic sięgają czasów organizowania się Państwa Polskiego. Za pierwszych Piastów, gdy Kraków został siedzibą panujących książąt, sąsiadująca z nim Puszcza NiepołomickaStrona internetowa poświęcona Puszczy Niepołomickiej., stała się ulubionym miejscem polowań. W XIV wieku Kazimierz Wielki wybudował w Niepołomicach zamek myśliwski nad Wisłą i wystawił gotycki kościół.
W okresie Jagiellonów przebudowany zamek niepołomicki stał się drugą po Wawelu siedzibą królewską i stąd Niepołomice w tym okresie swej historii nazywane są (przez Jana Długosza) drugą po Krakowie stolicą Polski.
Według austriackiego spisu ludności z 1900 w 622 budynkach w Niepołomicach na obszarze 1899 hektarów mieszkały 4692 osoby, z czego 4122 (87,9%) było katolikami, 507 (10,8%) wyznawcami judaizmu, 12 (0,3%) grekokatolikami, a 50 (1,1%) innej religii lub wyznania, 4426 (94,3%) było polsko-, 152 (3,2%) niemiecko-, 3 (0,1%) rusko-, a 102 (2,2%) innojęzycznymi.