Swoboda działania Za prezydentury Franklina Delano Roosevelta Biuro zostało podniesione do rangi Wydziału Śledczego. Prezydent Roosevelt udzielił poparcia zmianom legislacyjnym, zapewniającym Hooverowi większy margines swobody działania, co znalazło wyraz w utworzeniu w lipcu 1935 Federalnego Biura Śledczego. Mimo że uwagę opinii publicznej starano się skierować przede wszystkim na zwalczanie przez Biuro przestępczości zorganizowanej, Hoover nigdy nie zaprzestał krucjaty przeciwko elementom wywrotowym. Zyskał poparcie Roosevelta, który potajemnie zlecił mu zajęcie się wywiadem wewnętrznym, w tym gromadzeniem informacji o izolacjonistach. W czerwcu 1939, również w najgłębszej tajemnicy, prezydent polecił wszystkim amerykańskim agencjom rządowym przekazać FBI dane mogące mieć bezpośredni lub pośredni związek z działalnością szpiegowską, antyszpiegowską lub sabotażem.