Kariera astronauty 1992 – 15 maja został włączony do składu korpusu astronautów Europejskiej Agencji Kosmicznej (nabór ESA-2). Fuglesang był jednym z pięciu kandydatów ze Szwecji, którzy od 1991 ubiegali się o status astronauty. Jako jedyny z nich dostał się do finału. Razem z nim znaleźli się tam również: Maurizio Cheli (Włochy), Jean-François André Clervoy (Francja), Pedro Francisco Duque (Hiszpania), (Belgia) i Thomas Arthur Reiter (Niemcy). Latem 1992 w Europejskim Centrum Astronautów (European Astronauts Centre – EAC) w Kolonii (Niemcy) przeszedł krótkie wstępne szkolenie. Pod koniec roku przeszedł badania medyczne w Centrum Wyszkolenia Kosmonautów im. J. Gagarina. 1993 – Pierwsze cztery miesiące roku spędził ponownie w Europejskim Centrum Astronautów gdzie kontynuował przygotowania. W maju został wybrany do udziału w rosyjsko-europejskiej misji Euro-Mir 95. Od sierpnia wspólnie z Thomasem Reiterem w Gwiezdnym Miasteczku rozpoczęli szkolenie do długotrwałego lotu na pokładzie stacji kosmicznej. Obaj byli przygotowywani do pracy na zewnątrz stacji orbitalnej. 1995 – w marcu przygotowania do lotu weszły w fazę końcową. Fuglesang został wyznaczony do załogi rezerwowej, w której znaleźli się również: Giennadij Manakow – dowódca oraz Pawieł Winogradow – inżynier pokładowy.