Podczas II wojny światowej synagoga została doszczętnie zdewastowana przez hitlerowców, którzy następnie w jej wnętrzach urządzili magazyn zrabowanego mienia pożydowskiego. Po zakończeniu wojny synagoga znalazła pod administracją Kongregacji Wyznania Mojżeszowego w Nowym Sączu, a po jej likwidacji Kongregacji z Krakowa. W tym czasie we wnętrzach synagogi znajdował się magazyn.
W 1974 kongregacja przekazała budynek synagogi miastu, które wkrótce przekazało je Muzeum Okręgowemu w Nowym Sączu na galerię sztuki. Po kapitalnym remoncie i adaptacji na cele wystawowe w 1982 udostępniona została zwiedzającym. We wnętrzu urządzono Galerię Sztuki „Dawna Synagoga”, gdzie organizowane są wystawy dawnego i współczesnego dorobku artystycznego mieszkańców Nowego Sącza. W przedsionku znajduje się stała ekspozycja judaików pt. „Byli wśród nas”.
24 lipca 1994 na ścianie synagogi umieszczono ufundowaną przez Ziomkostwo Sądeczan w Izraelu tablicę pamiątkową z treścią w trzech językach: polskim, jidysz i hebrajskim:
„Tablica pamiątkowa ku czci 25 tysięcy Żydów – mężczyzn, kobiet i dzieci z Nowego Sącza i okolicy spalonych w krematoriach obozów koncentracyjnych i zamordowanych w innych miejscach straceń przez zbrodniarzy hitlerowskich w latach 1939-1945.