Marko Šarlija (ur. 31 stycznia 1982 w Zagrzebiu) – piłkarz chorwacki grający na pozycji bramkarza.
Kariera klubowa Šarlija urodził się w Zagrzebiu i jako junior trafił do szkółki najsłynniejszego klubu z tego miasta, Dinama Zagrzeb. Jednak jako 18-latek nie miał szans na grę w tym klubie i został wypożyczony do drugoligowej Croatii Sesvete, klubu z przedmieść Zagrzebia. W 2001 roku wrócił do Dinama, jednak był tam tylko trzecim bramkarzem po Ivanie Turinie i Tomislavie Butinie i nie zdołał zaliczyć debiutu. Na sezon 2002/2003 wypożyczono go więc do NK Zadar, by mógł się tam ogrywać w lidze. W pierwszej kolejce tamtego sezonu Šarlija w końcu doczekał się debiutu w chorwackiej ekstraklasie. Miał on miejsce 27 lipca 2002 w przegranym 1:3 wyjazdowym meczu z NK Rijeka. Marko był podstawowym zawodnikiem Zadaru i rozegrał w nim 23 mecze ligowe, a klub ten zajął 10. miejsce w lidze broniąc się przed spadkiem z ligi i tracąc najwięcej goli w sezonie spośród wszystkich drużyn (71). Pomimo tego, Šarlija po sezonie wrócił do Dinama. Co prawda pierwszym bramkarzem był Turina, ale Šarliji udało się zaliczyć debiut w stołecznym zespole (13 września 2003 w wygranym 2:0 wyjazdowym meczu z NK Zagreb) i łącznie w sezonie zagrał 8-krotnie.