Pomimo istnienia Młodej Ekstraklasy rezerwy Legii dalej startowały w rozgrywkach Pucharu Polski na szczeblu wojewódzkim. W sezonie 2007/2008 Legia II dotarła do finału tych rozgrywek, ulegając w nim Hutnikowi Warszawa 0:1. Jednak dzięki udziałowi w finale zespół rezerw otrzymał prawo do startu w rozgrywkach na szczeblu centralnym w następnym sezonie, gdzie zakończył swoją przygodę na I rundzie. W sezonie 2011/2012 rezerwom stołecznego klubu udało się wygrać Puchar Polski na szczeblu wojewódzkim, pokonując w finale Broń Radom 2:1. W następnym sezonie ponownie wystartowały w rozgrywkach szczebla centralnego, docierając także do I rundy.
W sezonie 2014/2015 rezerwy Legii ponownie dotarły do finału Pucharu Polski na szczeblu wojewódzkim. Tam jednak przegrały ze stołecznym Ursusem po dogrywce 0:1.
15 czerwca 2022 roku Legia II wygrała 1:0 z Legionovią Legionowo i zwyciężyła w mazowieckim Pucharze Polski, kwalifikując się na centralny szczebel pucharu w sezonie 2022/2023. 30 sierpnia 2022 roku przegrała w domowym meczu 1. rundy przeciwko Wiśle Kraków 0:5 i odpadła z rozgrywek. W sezonie 2022/2023 Legia II obroniła Puchar Polski na szczeblu mazowieckim, wygrywając w finale 3:0 z Pogonią Grodzisk Mazowiecki.