9 czerwca 1794 w Londynie poślubił słynną z urody lady Amelię Anne Hobart (ur. 20 lutego 1772, zm. 12 lutego 1829), córkę Johna Hobarta, 2. hrabiego Buckinghamshire i Caroline Conolly, córki Williama Conolly’ego. Robert i Amelia tworzyli zgodną i kochającą się parę, ale nie doczekali się razem potomstwa.
W 1797 został Głównym Sekretarzem Irlandii. Rok później odegrał znaczącą rolę w stłumieniu powstania w Irlandii, dzięki jego pomysłowi amnestii dla sympatyków ruchu z warstw niższych, a skupieniu się na przywódcach powstania. W następnych latach przekonywał irlandzkich i brytyjskich parlamentarzystów do podpisania aktu unii włączającego Irlandię do Korony brytyjskiej. Jego działania zostały uwieńczone sukcesem w 1801, kiedy to obydwa Parlamenty przyjęły Akt Unii, tworząc Zjednoczone Królestwo Wielkiej Brytanii i Irlandii (United Kingdom of Great Britain and Ireland). Lord Castlereagh powrócił do parlamentu w 1801 jako reprezentant okręgu Down. Okręg ten reprezentował do 1805.