Po rozpadzie Jugosławii klub zaczął grać w pierwszej lidze Słowenii. Był jednym z trzech klubów, które brały udział w mistrzostwach Jugosławii na najwyższym poziomie. W pierwszych dwóch sezonach stołeczna Olimpija zdominowała ligę, a w kolejnych dwóch po rywalizacji z Mariborem zdobyła mistrzostwo. Ale punktem zwrotnym dla klubu był sezon 1996/97. Zespół zdobył mistrzostwo po raz pierwszy w swojej historii. W kolejnych sezonach już nie oddał pierwszeństwa, stanowiąc siedem razy z rzędu mistrzem kraju. W 1997 po nawiązaniu kontraktu z Teatanic klub zmienił nazwę na NK Maribor Teatanic, a w 1999 roku na NK Maribor Pivovarna Laško.
W latach 2004–2008 klub miał duże kłopoty finansowe. A przez pewien czas mówiono nawet o rozwiązaniu klubu. Podobny los spotkał również rywali klubu - NK Mura i Olimpia z Ljubljany, które zostały rozwiązane w 2004 roku.
W 2006 roku klub przywrócił nazwę NK Maribor. A od sezonu 2007/08 nowym dyrektorem sportowym klubu został mianowany Zlatko Zahovič, legenda słoweńskiej piłki nożnej. 10 maja 2008 roku otwarto ponownie stadion Ljudski vrt, który był w trakcie renowacji przez 20 miesięcy, a w styczniu 2011 zarząd ogłosił, że długi zostały w całości spłacone.