Objął także resort obrony i bezpieczeństwa narodowego.
W odpowiedzi na prośbę Mosisiliego RPA zaapelowała o wszczęcie dochodzenia w celu zbadania wyborczych nieprawidłowości. W kraju trwały jednak dalej zamieszki społeczne. W tej sytuacji prezydent RPA Nelson Mandela podjął decyzję o interwencji sił SANDF w Lesotho. Do kraju wkroczyło 600 żołnierzy z RPA oraz 200 żołnierzy botswańskich. „operacja Boleas” (taki zyskała kryptonim) miała służyć „przywróceniu demokracji i rządów prawa”. Wojska południowoafrykańskie stacjonowały w Lesotho do maja 1999, jednak pomimo ich obecności w kraju dochodziło do licznych podpaleń i grabieży"Military Intervention in Lesotho: Perspectives on Operation Boleas and Beyond", OJPCR: The Online Journal of Peace and Conflict Resolution, maj 1999..
Kolejne wybory, które odbyły się w maju 2002, okazały się ponownie wygrane dla partii Mosisiliego. Jednakże niedługo po nich, w partii doszło do podziału pod przywództwem dotychczasowego zastępcy przewodniczącego, Kelebone Maope. W październiku z LCD wystąpił inny jego działacz, Tom Thabane, który założył własną partię, All Basotho Convection (ABC). W tej sytuacji, na prośbę premiera, król Letsie III 24 listopada 2006 rozwiązał parlament"Lesotho dissolves Parliament ahead of elections", Mail&Guardian, 25 listopada 2006.