13 stycznia 2016 został trenerem Lechii Gdańsk. Pod jego wodzą Lechia zajęła kolejno 5. i 4. miejsce w tabeli Ekstraklasy. 27 września 2017 objął stanowisko dyrektora sportowego Lechii Gdańsk, natomiast funkcję pierwszego trenera przejął jeden z jego asystentów, Adam Owen. 17 stycznia 2018 odszedł z klubu.
Następnie pracował dla FIFA, zajmując się projektami doradczymi i edukacyjnymi reprezentacji oraz programów grassroots i piłki nożnej kobiet.
Był ekspertem Kanału Sportowego i Telewizji Polskiej podczas Mistrzostw Europy 2020.
31 grudnia 2021 został trenerem Jagiellonii Białystok. 10 czerwca 2022 został zwolniony.
Kontrowersje Z Philadelphia Union został zwolniony w atmosferze skandalu, za znęcanie się nad piłkarzami poprzez niewłaściwe metody treningowe i komunikacyjne.
Amerykański sąd stwierdził, że jego działania zagrażały zdrowiu i bezpieczeństwu piłkarzy.
Sukcesy Jako zawodnik Chicago Fire Major League Soccer: 1998/99 U.S. Open Cup: 1997/98, 1999/00
Indywidualne Piłkarz Roku w Plebiscycie Piłki Nożnej: 1996 Jako trener D.C.