Istotnym problemem jest również pogarszanie się warunków rozrodu endemicznych ryb w dopływach i mokradłach przyjeziornych.
W badaniach poświęconych rybołówstwu jeziora wskazuje się także na spadek rozmiarów odławianych ryb oraz zmniejszanie się liczebności części populacji Labeobarbus migrujących do dopływów na tarło. Za potencjalnie poważne zagrożenie uznaje się możliwość introdukcji dużych obcych drapieżników, które mogłyby naruszyć wyjątkową strukturę miejscowej ichtiofauny.
Wśród dodatkowych zagrożeń wymienia się także przekształcenia użytkowania ziemi w zlewni, rozrost zabudowy i presję na tereny podmokłe, od których zależą zarówno ptaki wodne, jak i ryby wykorzystujące te obszary jako tarliska lub miejsca wzrostu narybku.
W 2015 ustanowiono tu rezerwat biosfery UNESCO. Ponadto zespół klasztorów wyspowych jeziora Tana i przyległy krajobraz wodno-błotny znalazły się na liście informacyjnej światowego dziedzictwa UNESCO.
Ochrona przyrody Włączenie regionu jeziora Tana do sieci rezerwatów biosfery UNESCO miało wspierać równoważenie ochrony przyrody, zachowania dziedzictwa kulturowego oraz