W integrowanej ochronie roślin ważny jest łączny wpływ wszystkich kategorii organizmów szkodliwych, czyli patogenów, owadów i chwastów, występujących w środowisku danej uprawy na jej plon, dlatego do zwalczania agrofagów podchodzi się całościowo, ze zwróceniem szczególnej uwagi na wzajemne powiązania i zachodzące współoddziaływania. Potencjalnie szkodliwy organizm staje się agrofagiem jeżeli obecna jest roślina żywicielska, środowisko jest korzystne zarówno dla rośliny, jak i organizmu szkodliwego a czas sprzyja interakcji między rośliną i organizmem szkodliwym. Ponadto człowiek i organizm szkodliwy konkurują w stosunku do rośliny, stopień uszkodzenia rośliny obniża ilość lub jakość plonu.
Integrowana ochrona roślin wykorzystuje w pełni wiedzę o organizmach szkodliwych dla roślin (w szczególności o ich biologii i szkodliwości) w celu określenia optymalnych terminów dla podejmowania działań zwalczających te organizmy, a także wykorzystuje naturalne występowanie organizmów pożytecznych, w tym drapieżców i pasożytów organizmów szkodliwych dla roślin, a także posługuje się ich introdukcją.