Izomeria konformacyjna – rodzaj izomerii cząsteczek chemicznych, polegającej na częściowym zablokowaniu swobodnej rotacji podstawników lub pojedynczych atomów, występujących przy dwóch atomach połączonych pojedynczym wiązaniem chemicznym. Izomery konformacyjne różnią się konformacją atomów (czyli ich wzajemnym ułożeniem w przestrzeni), lecz mogą się wzajemnie w siebie przekształcać bez reakcji chemicznej, na skutek skoordynowanych ruchów fragmentów cząsteczki. thumb|200px|Konformacje pierścienia cykloheksanu uszeregowane w zależności od energii (oś pionowa)1 – krzesło2 – pół-krzesło3 i 5 – skręcona łódka4 – łódka Izomeria konformacyjna występuje głównie w związkach, które posiadają bardzo rozbudowane przestrzennie podstawniki, lub podstawniki, które nawzajem silnie z sobą oddziałują poprzez przestrzeń, tworząc np. słabe wiązania wodorowe. Czasami zdarza się także obserwować tę izomerię w przypadku związków, które jej normalnie nie wykazują, gdy schłodzi się je do bardzo niskich temperatur.