Prokuratura ustaliła, że w latach 2003–2006 Stanisław Szczur ukradł łącznie – według różnych źródeł – ponad 70 lub blisko 90 archiwalnych woluminów, w tym m.in. Lunarium Bernarda Granollachsa z 1498 oraz dwa starodruki z 1516. Łączna wartość dzieł została oszacowana na co najmniej 875,6 lub 900 tysięcy złotych. Oprócz kradzieży został oskarżony także o niszczenie niektórych pozycji poprzez wyrywanie i wycinanie z nich stron.
Po sporządzeniu aktu oskarżenia na początku grudnia zgłosił wniosek o wydanie wyroku skazującego bez przeprowadzenia rozprawy. Sąd przychylił się do wniosku oskarżonego i skazał go na karę trzech lat pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania na okres pięciu lat próby i 72 tys. zł grzywny. Na Stanisława Szczura nałożono także obowiązek naprawienia szkody w wysokości 91,7 tys. zł i obciążono go kosztami postępowania wynoszącymi 30 tys. zł. W uzasadnieniu sąd zwrócił uwagę na fakt, że oskarżony podjął współpracę z organami ścigania i pomógł w odzyskaniu zaginionych woluminów. Dzięki jego pomocy udało się także zatrzymać i postawić zarzuty krakowskiemu antykwariuszowi. Wyrok był prawomocny.