Brał aktywny udział w życiu liturgicznym prawosławnej katedry na Pradze, pełniąc funkcję subdiakona przy ówczesnym metropolicie Dionizym. To właśnie on, by ochronić Klingera, wprowadził go do Prawosławnego Seminarium Duchownego i internatu, mieszczącego się przy katedrze na Pradze. Jerzy Klinger ukończył seminarium z wyróżnieniem.
Po powstaniu warszawskim, w ślad za rodzicami, przedostał się do Zakopanego i Krakowa, gdzie ukończył studia na wydziale filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Kapłaństwo thumb|Grób ks. Jerzego Klingera z malowidłami Jerzego Nowosielskiego na cmentarzu prawosławnym w Warszawie
Studiował teologię w Polsce, Czechosłowacji (fakultet teologiczny w Preszowie) i Francji (Prawosławny Instytut św. Sergiusza w Paryżu). W 1946 roku uzyskał stopień magistra filozofii Uniwersytetu Warszawskiego. Święcenia kapłańskie otrzymał w 1952 roku, po czym prowadził działalność duszpasterską w Kętrzynie i w latach 1955–1968 w Warszawie. Od 1968 r. pełnił obowiązki duszpasterskie w parafii prawosławnej w Poznaniu. Był członkiem Rady Metropolitalnej oraz przewodniczącym Komisji Kształcenia i Wychowania Kadr Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego.