Premier Park zaczęło szybko budować dużą liczbę wielkich kolejek górskich i otwierać nowe parki, nawet poza granicami USA: w Kanadzie, Meksyku, Francji, Hiszpanii, Holandii, Belgii i Niemczech. W większości nosiły one nazwę Six Flags. Sieć parków nieprzerwanie od roku 1998 przynosi straty, które w sumie sięgnęły 2 miliardów dolarów z powodu nadmiernej ekspansji, przeinwestowania i nieprawidłowego zarządzania parkami.
Era Shapiro Na początku 2005 część udziałowców była niezadowolona z powodu bardzo niskich cen udziałów, strat przynoszonych przez kompanię i jej ogromnych wydatków. Red Zone LLC, która miała 12% udziałów, wraz z Billem Gatesem (11% udziałów) sprzeciwiła się kompanii i żądała zmiany jej prezesa. Po długiej walce i wykupieniu dużej liczby udziałów, 22 listopada 2005 Red Zone przejęła kontrolę nad siecią parków. Obecnie sieć Six Flags nie koncentruje się tak jak poprzednio na młodzieży, lecz na całych rodzinach. Atrakcje które zostały dodane w 2006, czyli duża liczba wielkich kolejek górskich; były za czasów Premier Park.