W wyniku językoznawczego sporu z Františkiem Palackým Hanka przeprowadził reformę ortografii języka czeskiego (wprowadził v zamiast w, au zamiast ou). Zasady ortograficzne wywodził z założeń opracowanych przez Josefa Dobrovského, u którego studiował filologię.
W 1848 roku został wykładowcą slawistyki na Uniwersytecie Karola w Pradze. W tym samym roku został wybrany do dwunastoosobowego Komitetu Przygotowawczego Zjazdu Słowiańskiego.
Zmarł 12 stycznia 1861 roku w Pradze. Został pochowany na praskim Cmentarzu na Wyszehradzie.
Twórczość Poezja Dvanáctero písní, Hankovy písně (1815) – poszerzone wydanie Dvanáctero písní.
Literatura naukowa Stará pověst o Strojmírovi a Griseldě, Sbírka nejdávnějších latinsko–českých slovníků, Přehled pramenů právních v Čechách, Mluvnice čili soustava českého jazyka podle Josefa Dobrovského, Slovanská mluvověda, Petrohradská legenda o svatém Václavu, České mince korunovační.
Manuskrypty Rękopis królowodworski (1817) – wspólnie z Josefem Lindą, Rękopis zielonogórski (1818 publikacja 1822) – wspólnie z Josefem Lindą.
Przekłady Krátká historie slovanských národů, Prostonárodní srbská Musa do Čech převedenou – nieprecyzyjny przekład serbskich piosenek, Dějiny české v kamenopisně vyvedených obrazech (1824), Krakováčky, aneb písně národní polské.
Przypisy