Pod władzą Fatahu pozostał tylko Zachodni Brzeg.

Po zerwaniu koalicji przez oba ugrupowania, prezydent Mahmud Abbas wprowadził stan wyjątkowy i 14 czerwca 2007 zdymisjonował Isma’ila Hanijję ze stanowiska premiera Autonomii Palestyńskiej. Dzień później nowym szefem rządu mianował Salama Fajjada. Isma’il Hanijja nie uznał tego kroku i nadal uważał się za premiera. Oskarżył prezydenta Abbasa o złamanie prawa i uznał rząd Fajjada za niekonstytucyjny, gdyż nie otrzymał on zatwierdzenia przez Radę Legislacyjną Autonomii Palestyńskiej (w której większość głosów posiadał Hamas). W Autonomii Palestyńskiej rozpoczął się od tego czasu de facto okres dwuwładzy.

Kierownicze stanowisko w Hamasie i wojna w Strefie Gazy W II połowie 2016 arabskie media donosiły, że Isma’il Hanijja zastąpi Chalida Maszala na stanowisku szefa Biura Politycznego Hamasu, jako że po wycofaniu się innych ubiegających się o to stanowisko sam pozostał jedynym kandydatem do niego. 6 maja 2017 został oficjalnie wybrany na stanowisko.