W późniejszym czasie Hanijja był głównym pośrednikiem w negocjacjach z Izraelem w sprawie uwolnienia zakładników i wstrzymania lub zakończenia wojny w Strefie Gazy.
20 maja 2024 , prokurator Międzynarodowego Trybunału Karnego w Hadze, zwrócił się do Trybunału z wnioskiem o wydanie nakazów aresztowania Isma’ila Hanijji i dwóch innych liderów Hamasu zarzucając im popełnienie zbrodni wojennych i zbrodni przeciwko ludzkości podczas ataku na Izrael z 7 października 2023.
Śmierć mały|Hanijja przemawia podczas ćwiczeń Brygad al-Kassam, 27 stycznia 2013 roku 31 lipca 2024 około godziny 2 czasu lokalnego wraz z jednym ze swoich ochroniarzy w Teheranie w wyniku ataku na jego rezydencję w tym mieście, w którym przebywał w związku z ceremonią inauguracyjną nowo wybranego prezydenta Iranu, Masuda Pezeszkijana (jego stałym miejscem zamieszkania nadal był wówczas Katar). Wkrótce po ataku zaczęto podejrzewać o jego dokonanie Izrael, przy czym pierwsze doniesienia mówiły o ataku powietrznym, a kolejne o wybuchu ładunku zainstalowanego w miejscu pobytu Hanijji dwa miesiące wcześniej.
Zabójstwo Hanijji wywołało obawy przed eskalacją konfliktu izraelsko-palestyńskiego w większą wojnę na Bliskim Wschodzie.