Okoliczności wypadku nie zostały do dziś wyjaśnione. Jak wykazał raport Jana Rokity w pierwszym dochodzeniu popełniono liczne nieprawidłowości. Sprawy nie wyjaśniły również kolejne śledztwa, prowadzone przez Prokuraturę Wojewódzką w Bydgoszczy (1991–1993) oraz poznański oddział IPN (2001–2002).
Pamięć W stolicy Wielkopolski działa fundacja jego imienia, której celem jest wspieranie misji zakonu dominikanów oraz prowadzenie działalności charytatywnej, wychowawczej i edukacyjnej w duchu dominikańskiego posłannictwa. W 2006 Fundacja przygotowała wystawę pt. Jak żyć prawdą. O. Honoriusz Kowalczyk 1935–1983, pomyślaną jako szczególna forma edukacji, promującej wzorce osobowe oparte na bezinteresownej służbie Bogu, ludziom i ojczyźnie. Wystawiana była w stronach rodzinnych o. Honoriusza: w Muzeum Ziemi Zawkrzeńskiej w Mławie, a jej otwarcie połączone było z sesją poświęconą O. Honoriuszowi i przez dwa miesiące w Muzeum Historycznym w Przasnyszu.
Wiele pamiątek po o.