Jako wielki mistrz faworyzował mieszkańców dolnych Niemiec, a szczególnie Nadreńczyków. W związku z tym w 1439 roku wybuchł bunt w konwentach w Królewcu, Bałdze oraz Pokarminie, do których częściowo dołączyły konwenty w Świeciu, Toruniu oraz Gniewie. Wielki mistrz został zmuszony do zwolnienia z urzędów części swoich stronników. Ich stanowiska przejęli buntownicy.
W czasie pełnienia funkcji wielkiego mistrza przez Paula von Rusdorfa odbywały się zjazdy stanów pruskich zwykle w Elblągu lub Malborku oraz 26 lutego 1434 w Kętrzynie. W Zjazdach uczestniczyli dostojnicy Zakonu, 12 przedstawicieli duchowieństwa diecezjalnego, 50 przedstawicieli rycerstwa (wybory posłów odbyły się w 1432 r.) i 20 przedstawicieli miast. W Zakonie dochodziło do rozdźwięków. W lutym 1440 przeciwnicy Paula von Rusdorf podjęli próbę odsunięcia go od władzy. W obronie wielkiego mistrza stanęły stany pruskie, które formalnie utworzyły Związek Pruski. Udało mu się w ograniczonym stopniu zabezpieczyć kraj Zakonu poprzez politykę zagraniczną, ale nie był w stanie przywrócić wewnętrznej spójności Zakonu. Paul von Rusdorf ostatecznie złożył rezygnację z urzędu 2 stycznia 1441. W kilka dni po rezygnacji z urzędu zmarł w Malborku i został tam pochowany.