Jedna z torped wybuchła pod rufą, powodując spore uszkodzenia (być może wybuchły także bomby głębinowe), uniemożliwiające aktywne wykorzystanie bojowe okrętu przez najbliższe dwa lata.
10 lipca 1940 roku „Hermes” odniósł poważne uszkodzenia dziobu w kolizji z krążownikiem pomocniczym „Corfu” podczas sztormu. Po prowizorycznych naprawach we Freetown, remont w Simon’s Town w Afryce Południowej trwał do października 1940 roku. Następnie pomiędzy październikiem a listopadem 1940 roku lotniskowiec brał udział w poszukiwaniach niemieckiego rajdera „Admiral Scheer” na Atlantyku.
W 1941 „Hermes” przebazował na Ocean Indyjski. Brał udział w akcjach przeciw celom włoskim w Afryce Wschodniej i Somalii. Wcielony następnie w skład Floty Wschodniej (Eastern Fleet), wspierał wojska brytyjskie przeciwdziałające proniemieckiemu zamachowi stanu w Iraku.
thumb|Lotniskowiec HMS „Hermes” tonący na skutek nalotu japońskiego, 9 kwietnia 1942, okolice Cejlonu Pomiędzy 2 a 4 kwietnia 1942 roku okręt bazował w Trincomalee na Cejlonie, przygotowując się do operacji desantowej na Madagaskar, lecz następnie wyszedł w morze na skutek doniesień o obecności floty japońskiej, dokonującej rajdu na Ocean Indyjski.