Geografia Duszanbe leży u zbiegu rzek Warzob i Kofarnihon. Od północy i wschodu miasto otacza pasmo górskie Gissar, którego szczyty mogą sięgać nawet 4000 m n.p.m., natomiast od południa Duszanbe jest otoczone przez góry: Babatag, Aktau, Rangontau, Karatau, które osiągają wysokość 1700 m n.p.m. Do lat 60. XX wieku, Duszanbe znajdowało się na lewym brzegu rzeki Varzob, jednak później zaczęło się rozbudowywać na prawym brzegu. Miasto jest położone na obszarze zagrożonym trzęsieniem ziemi. W ciągu ostatnich 100 lat, na tych terenach było wiele trzęsień ziemi o magnitudzie 5-6. Jednym z nich było trzęsienie ziemi Khait w 1949 roku https://www.worldcat.org/title/dushanbe-entsiklopediia/oclc/65068362.
Dzielnice Duszanbe dzieli się na cztery dzielniceStrona organu wykonawczego władz miasta Duszanbe https://www.dushanbe.tj/ru/administrativnoe-delenie.
Nauka i oświata Duszanbe jest najważniejszym ośrodkiem naukowym w Tadżykistanie. Tu swoją główną siedzibę mają Akademia Nauk Tadżykistanu i 17 instytutów naukowo-badawczych.