Premier W wyborach parlamentarnych 13 stycznia 2001 Partia Niepodległości Zielonego Przylądka pod jego przywództwem odniosła zwycięstwo, zdobywając 40 miejsc w 72-osobowym Zgromadzeniu Narodowym. 1 lutego 2001 José Maria Neves objął stanowisko szefa rządu. W kolejnych wyborach 22 stycznia 2006 PAICV zdobyło 41 mandatów w parlamencie, a Neves zachował urząd premiera. 28 lutego 2006 został zaprzysiężony na drugą kadencję"Cape Verde's new government sworn", afrol, 8 marca 2006..
W sierpniu 2005 premier José Maria Neves odbył wielodniową wizytę w Brazylii, odwiedzając osiem miast: São Paulo, Rio de Janeiro, Goiânia, Recife, Maceió, João Pessoa, Natal oraz Fortalezę. 22 sierpnia 2005 spotkał się również z prezydentem Lula da Silvą.
W polityce zagranicznej premier Neves jest zwolennikiem zacieśniania stosunków Republiki Zielonego Przylądka z Unią Europejską, podpisania umowy o partnerstwie i współpracy, a w dalszej perspektywie nawet członkostwa w organizacji"Cape Verde PM discusses special partnership with EU", afrol, 15 listopada 2005.. W tym celu Republika Zielonego Przylądka za jego rządów ograniczyła współpracę z afrykańską organizacją ECOWAS, starając się o zmianę ze statusu jej członka, na "status specjalny""Cape Verde wants special status at ECOWAS", afrol, 2 stycznia 2007..