odmówił ewakuacji i pozostał w domu.
20 marca 1945 wraz z żoną został zatrzymany przez funkcjonariuszy MO i osadzony w Obozie Pracy w Potulicach. W obozie 2 lipca 1945 umarła żona generała. On sam przez funkcjonariuszy więziennych traktowany był jak zdrajca. Był przesłuchiwany nocami i nakłaniany do samobójstwa. Grożono mu utratą życia. Wyrokiem Sądu Specjalnego w Bydgoszczy mienie generała uległo konfiskacie na rzecz Skarbu Państwa. 29 października 1945 Sąd Grodzki w Bydgoszczy przywrócił mu obywatelstwo polskie i nakazał zwolnienie jego majątku spod zajęcia. Specjalny Sąd Karny w Toruniu na sesji wyjazdowej w Bydgoszczy postanowił zaskarżyć decyzje Sądu Grodzkiego i uchylić wniosek Karola Stanisława Schuberta o rehabilitację. Znaleźli się świadkowie, którzy twierdzili że posiadają dowody obciążające w jego sprawie. Po przesłuchaniu w charakterze świadków byłych urzędników starostwa bydgoskiego Zofii Buczkoskiej, Stanisława Muszyńskiego i Jana Szczukowskiego, których zeznania były dla gen. Schuberta obciążające, postanowił oddalić, pozbawić go na zawsze praw publicznych, obywatelskich i honorowych, uznać całe jego mienie za przepadłe i obciążyć go kosztami postępowania za obie instancje. Po zwolnieniu z obozu schronienie znalazł u córki i jej męża, mjr. Edmunda Pożniaka.