Po studiach powróciła do Warszawy, lecz nie mogła nostryfikować dyplomu ze względu na płeć. Jej aplikacja do Warszawskiego Towarzystwa Lekarskiego została odrzucona, zabrakło jej jednego głosu, pomimo pozytywnej opinii prezesa Towarzystwa, prof. Henryka Hoyera. W debacie publicznej, którą rozpoczął artykuł krytykujący studiujące kobiety i chwalący odrzucenie aplikacji Tomaszewicz, po jej stronie stanęli Aleksander Świętochowski i Bolesław Prus. Wobec niemożliwości praktykowania w kraju Tomaszewicz wyjechała nostryfikować dyplom do Sankt Petersburga. Krótko przed jej przybyciem, car wydał ukaz zabraniający kobietom studiowania w Zurychu. Uzyskany dyplom stracił ważność na obszarze państwa rosyjskiego. Akademia Medyko-Chirurgiczna szukała lekarki, która zaopiekuje się żonami z haremu sułtana tureckiego, który miał przebywać w mieście. Lekarka musiała znać języki obce, żeby mogła swobodnie rozmawiać z kobietami. Anna Tomaszewicz spełniała ten warunek, w związku z tym, uczelnia wyraziła zgodę, żeby przystąpiła do egzaminów nadających uprawnienia lekarskie.