Powołany w 1206 roku Sułtanat Delhijski przetrwał aż do najazdu Mongołów w 1526 roku. Delhi była wówczas stolicą sułtanatu rządzącego prawie całymi Indiami, największym centrum sufizmu (mistyczna tradycja islamu). W tym czasie nastąpiła budowa fortów, które są częścią siedmiu miast Delhi.
Kwitnący okres przypadł na czas panowania Muhammada Tughlaka z dynastii Tughlaków (1320–1355), do momentu, gdy Timur z hordami mongolskimi spustoszył miasto zabijając 100 tysięcy jego mieszkańców i osadzając na tronie muzułmańską dynastię Sajjidów (1414–1451).
Islam królował w Delhi także, gdy w 1556 roku po wygranej bitwie armii Babura miastem, a z czasem i Indiami zaczęli rządzić Wielcy Mogołowie. Z tego czasu pochodzą takie zabytki Delhi jak Czerwony Fort i największy meczet w Indiach, Dżami Masdżid. Najsławniejsi z Wielkich Mogołów to Akbar (1542–1605), budowniczy nowej stolicy Fatehpur Sikri i Dżahan, zwany też Szahdżahanem (1592–1666), który kazał dla swojej żony zbudować grobowiec Tadź Mahal. On też jest twórcą „siódmego miasta Delhi” nazwanego na jego cześć Shahdżahanabad. Powszechnie znane jest ono jednak pod nazwą Starego Delhi.