Bezrobocie i niski poziom życia oraz zależność od pomocy z zagranicy stały się także podłożem do nastrojów antyindyjskich, szczególnie gdy w Asamie wybuchły zamieszki skierowane przeciwko uchodźcom z Bangladeszu. Odżył również konflikt o wody Gangesu.
W grudniu 1990 roku prezydent Hossain Mohammad Ershad został zmuszony do rezygnacji. W lutym 1991 roku odbyły się wybory, w których zwyciężyła Narodowa Partia Bangladeszu, pod przewodnictwem Khaledy Zia. Po wyborach w 1996 roku na czele rządu stanęła Sheikh Hasina Wajed, córka Mudżibura Rahmana, przywódczyni Ligi Ludowej. W 2001 Narodowa Partia Bangladeszu pod przewodnictwem Khaledy Zia powróciła do władzy. Na przełomie maja i czerwca 2006 Bangladeszem wstrząsały strajki i zamieszki. Do tego doszły blokady dróg wiodących do Dhaki. W styczniu 2007 po kolejnych zamieszkach władzę objął tymczasowy rząd pod kierownictwem Fakhruddina Ahmeda. Pełnił on swoje obowiązki do czasu wyborów parlamentarnych w grudniu 2008, w których zwycięstwo odniosła Liga Awami. Jej przywódczyni, Sheikh Hasina Wajed, 6 stycznia 2009 objęła stanowisko szefa rządu.