Uspokojenie napiętych stosunków z Koroną pozwoliło wielkiemu mistrzowi na zajęcie się sprawami wewnętrznymi państwa zakonnego. Na drodze tego zamierzenia stanął ambitny biskup warmiński Łukasz Watzenrode, który dążył do usamodzielnienia się zarówno od wpływów króla polskiego jak i wielkiego mistrza. W maju 1490 Tieffen zwrócił się pisemnie do niego o wyrażenie zgody na wyświęcenie kaplicy w Sterławkach Wielkich ku czci św. Jana Chrzciciela, a także o wydanie zezwolenia dla proboszcza z Czernik na odprawianie tam mszy świętych.
W 1492 Jan I Olbracht wysunął pomysł przeniesienia Krzyżaków z Prus na Podole. Zamierzeniom tym sprzeciwił się Johann von Tieffen, który rozumiał, że taka decyzja oznaczałaby definitywny koniec autonomii zakonu. Zwrócił się z prośbą o poparcie do cesarza Maksymiliana I Habsburga i udało mu się przekreślić plany królewskie. Zaproponował, żeby następni wielcy mistrzowie byli wybierani spośród książąt. Wielki mistrz nie sprzeciwił się natomiast żądaniom złożenia hołdu lennego wobec króla. Złożył hołd w Poznaniu 29 maja 1493.