Każdy z indiańskich ataków powodował odwetowe ekspedycje karne, których celem było zabicie jak największej liczby Indian, zniszczenie ich wiosek, zapasów żywności i pól uprawnych.
By zapewnić napływ nowych ochotników Kompania Wirginijska posłała do Jamestown pewną liczbę „młodych, przystojnych i poprawnie wykształconych kobiet” na ewentualne żony dla wirginijskich kawalerów.
W 1676 doszło do rebelii przeciwko rządom królewskiego gubernatora, sir Williama Berkeleya. Powstaniu przewodził jego krewniak, plantator, Nathaniel Bacon; efektem było spalenie osady do gruntuBacon zmarł w czasie walk, innych przywódców rebelii (23) Berkeley kazał powiesić, skutkiem czego został odwołany; zmarł w Anglii w 1677.; po kolejnym pożarze w roku 1699 zdecydowano o przeniesieniu się pozostałych kolonistów do dawnej Middle Plantation, dziś Colonial Williamsburg w Williamsburgu. Na krótko przed upadkiem (w roku 1693) miasto uzyskało przywilej królewski zezwalający na budowę szkoły wyższej „College of William and Mary”, przy czym budowę szkoły podjęto od razu w nowej stolicy.