W 1960 roku dołączył do przebywającego w Gwinei Cabrala. Tam prowadził program radiowo-informacyjny PAIGC. Jako szef dyplomacji ruchu wyzwoleńczego wynegocjował pomoc ze strony Organizacji Jedności Afrykańskiej, Związku Radzieckiego i państw Skandynawii. W 1963 roku rozpoczęła się kampania partyzancka PAIGC w Gwinei Bissau. Pereira był zaangażowany w walkę, organizował podziemne grupy dywersyjne. W 1964 roku został asystentem sekretarza generalnego partii. Do 1969 roku, siły PAIGC kontrolowały ponad dwie trzecie Gwinei Bissau.
W 1973 roku Amílcar Cabral został zabity przez portugalską tajną policję. Pereira został porwany, uratował go patrol morski Gwinei. Po śmierci Cabrala objął kierownictwo partii. Niepodległość Gwinei Bissau i Wysp Zielonego Przylądka umożliwiła portugalska rewolucja goździków z 1974 roku. Dzięki niej powrócił na wyspy i wygrał wybory prezydenckie w 1975 roku. 5 lipca 1975 roku Wyspy Zielonego Przylądka stały się niepodległym państwem. Jednopartyjną władze objął PAIGC z Pereirą jako prezydentem i Pedro Piresem jako premierem.