Działalność Szefa SWW podlega kontroli Sejmu.
Powołanie Szefów SWW powołuje i odwołuje, na wniosek Ministra Obrony Narodowej, Prezes Rady Ministrów, po zasięgnięciu opinii Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej oraz Kolegium do Spraw Służb Specjalnych i Sejmowej Komisji do Spraw Służb Specjalnych.
Odwołanie Odwołanie Szefa SWW z zajmowanego stanowiska następuje w przypadku: rezygnacji z zajmowanego stanowiska; zrzeczenia się obywatelstwa polskiego lub nabycia obywatelstwa innego państwa; skazania prawomocnym wyrokiem sądu za przestępstwo lub przestępstwo skarbowe; utraty predyspozycji niezbędnych do zajmowania stanowiska; niewykonywania obowiązków z powodu choroby trwającej nieprzerwanie ponad 3 miesiące.
Szefowie SWW wakat na urzędzie od 1 października 2006 do 4 października 2006, pełnomocnikiem ds. tworzenia służby był gen. bryg. Jan Żukowski gen. bryg. Witold Marczuk od 4 października 2006 do 16 stycznia 2008 gen. bryg. Maciej Hunia od 16 stycznia 2008 do 7 czerwca 2008 gen. bryg. Radosław Kujawa od 11 sierpnia 2008 do 19 listopada 2015 (od 7 czerwca 2008 do 11 sierpnia 2008 jako pełniący obowiązki) gen. bryg. Andrzej Kowalski od 19 lutego 2016 do 27 stycznia 2020 (od 19 listopada 2015 do 19 lutego 2016 jako pełniący obowiązki) gen. bryg.