Wprowadzanie obcego DNA, bez odpowiedniego wzorca metylacji, do zwyczajnej komórki bakterii skończyłoby się jego degradacją ze względu na bakteryjny system restrykcji i modyfikacji. W biologii molekularnej stosuje się jednak specjalne zmutowane szczepy bakterii, u których system ten jest nieaktywny, na przykład Escherichia coli DH5α.
Do najpopularniejszych wektorów plazmidowych należą wektory z serii pUC. Zostały one skonstruowane na podstawie plazmidu pBR322, a ten z kolei powstał przez ligację fragmentów restrykcyjnych z trzech naturalnie występujących plazmidów Escherichia coli (R1, R6.5 i pMB1). Przykładowo plazmid pUC19 ma rozmiar 2,7 kpz, posiada miejsce startu replikacji (ori) oraz 2 geny markerowe: gen odporności na ampicylinę (amp) oraz fragment genu kodującego enzym β-galaktozydazę (lacZα).
Gen odporności na ampicylinę nadaje zdolność produkcji β-laktamazy, rozkładającej ten antybiotyk. Komórki nieposiadające tego genu nie rosną w obecności tego antybiotyku w pożywce. W ten sposób można wyselekcjonować bakterie, które przyjęły plazmid pUC19 (i nie są wrażliwe na ampicylinę).