„[as]” zamiast „As” dla arsenu.
Np.: c1ccccc1 – oznacza benzen z kółkiem: 60px a C1=CC=CC=C1 ze sprzężonymi wiązaniami podwójnymi: 60px
Przykłady izomerycznego SMILES Konfiguracja izomerów E-Z (cis-trans) jest zapisywana z użyciem znaków „/” i „\”. Zapis „A/X=X/B” oznacza izomer trans, a „A/X=X\B” izomer cis.
Np.: C/C=C/C – oznacza (E)-but-2-en (trans-but-2-en) 100px C/C=C\C – oznacza (Z)-but-2-en (cis-but-2-en) 100px
Konfiguracja absolutna dla związków chiralnych jest zapisywana za pomocą znaku „@” i „@@”. „@” – znaczy skierowanie występującego za tym znakiem atomu lub podstawnika w stronę do tyłu płaszczyzny głównej wzoru, zaś „@@” – oznacza skierowanie występującego za tym znakiem atomu lub podstawnika przed płaszczyznę główną wzoru, przy czym oznaczenie to powinno odnosić się do podstawnika lub atomu o najmniejszej wadze zgodnie z regułami ważności Cahna-Ingolda-Preloga, a zatem bardzo często odnosi się to do atomu wodoru, który jest w tej sytuacji wyjątkowo jednak nie pomijany.