W dalszej kolejności wydarzenia dzielą się na trzy równoległe ścieżki fabularne, Fate, Unlimited Blade Works, oraz Heaven’s Feel. Każda z tych trzech ścieżek charakteryzuje się innym zainteresowaniem miłosnym głównego bohatera oraz równolegle uzupełniającymi się wydarzeniami oraz informacjami; ponadto każda z nich skupia się na innym aspekcie ideałów głównego bohatera. Zostały one zaprojektowane tak, aby w ramach oryginalnego wydania zostały przeczytane w dokładnie tej kolejności.
Bohaterowie Shirō Emiya – Główny bohater Fate/stay night; to z jego punktu widzenia dzieje się większość akcji w grze. Pomocny, pracowity i szczery nastolatek. Interesuje się naprawą różnego rodzaju sprzętów domowych, przy czym bardzo pomocna okazuje się jego niewielka znajomość podstaw sztuki magicznej. Przypadkiem zostaje Mistrzem w Wojnie, początkowo nie interesuje się nią kompletnie, lecz decyduje się na bierny udział, aby zminimalizować straty i cierpienie towarzyszące walkom o Graal. Ma tendencję do irracjonalnego rzucania się na pomoc innym. Saber – Saber jest Sługą Shirō, zwinnym i potężnym wojownikiem. Z czasem odkryta zostaje jej przeszłość, w której jest legendarnym Królem Arturem. Jej orężem jest mityczny Excalibur.