Do rozbiorów Dobre Miasto znajdowało się na autonomicznym obszarze podległym władzy biskupów warmińskich – Dominium Warmińskim, pełniło funkcję tzw. komory. W 1711 zmarł w nim i został pochowany kanclerz wielki koronny Andrzej Załuski. W 1719 całkowicie spłonął pałac biskupi. W 1771 doszło do pożaru, który zniszczył większą część zabudowy. Rok później miasto dostało się pod zabór pruski. W 1801 większą część zabudowy zniszczył kolejny pożar. W 1807 stacjonowały w nim wojska gen. Józefa Zajączka. W październiku 1810 dekretem króla Prus zlikwidowano kolegiatę. W 1828 uruchomiona została pierwsza fabryka sukna. W latach 1830–1834 wybudowano w mieście kościół ewangelicki, którego fundatorem był Fryderyk Wilhelm III, a projektantem Karl Friedrich Schinkel. W 1848 doszło do buntu biedoty miejskiej, zdławionego przez władze. W 1852 powstała wytwórnia wyrobów rymarskich. W latach 1865–1896 było siedzibą władz powiatu lidzbarskiego. W 1884 wybudowano linię kolejową łączącą Dobre Miasto z Olsztynem i Ornetą.