Lider kwintetu, z którym nagrał płyty Inspirations, Expressions oraz Berek (nominacja do Fryderyka w kategorii „Jazzowy Album Roku”). W 2009 roku wspólnie ze swoim bratem – Janem Smoczyńskim oraz Alexem Zingerem założył New Trio. Z zespołem tym wydał dwa albumy: Perpendicular Realities oraz Simultaneous Abstractions (nominacja do Fryderyka w kategorii „Jazzowy Debiut Roku”).
Mateusz Smoczyński jest współzałożycielem Atom String Quartet – kwartetu smyczkowego grającego muzykę improwizowaną, skupioną głównie na autorskich kompozycjach i własnych aranżacjach. W skład zespołu, oprócz Smoczyńskiego, wchodzą: Dawid Lubowicz na skrzypcach, Michał Zaborski na altówce oraz Krzysztof Lenczowski na wiolonczeli. Atom String Quartet wygrał konkurs Bielskiej Zadymki Jazzowej, nagrał kilkanaście autorskich albumów oraz wziął udział kilkudziesięciu sesjach nagraniowych z innymi muzykami. Zespół współpracował z takimi muzykami jak: Anna Maria Jopek, Natalia Kukulska, Branford Marsalis, Bobby McFerrin, Gil Goldstein, Leszek Możdżer, Adam Sztaba.