Następnie wrócił do Pogoni Szczecin, którego barwy reprezentował w latach 1999–2001. Potem został zawodnikiem Widzewa Łódź, w którym w sezonie 2001/2002 rozegrał tylko 1 mecz ligowy – dnia 9 marca 2002 roku wygranym 0:1 meczu wyjazdowym z Groclinem Dyskobolia Grodzisk Wielkopolski w 46. minucie został zastąpiony Marcina MorawskiegoDyskobolia Grodzisk Wielkopolski 0-1 Widzew Łódź., po czym wrócił do Portowców, w którym dnia 31 maja 2003 roku rozegrał swój ostatni mecz w ekstraklasie, w którym Portowcy przegrali 0:1 na wyjeździe ze Szczakowianką JaworznoDariusz Szubert – 2002/2003 – 90minut.pl.. W 2004 roku został zawodnikiem niemieckiego 1.FC Germania Egestorf/Langreder, w którym jesienią 2007 roku w wieku 37 lat zakończył piłkarską karierę. Łącznie w ekstraklasie rozegrał 108 meczów, w których strzelił 16 bramek.
Kariera reprezentacyjna Dariusz Szubert z olimpijską reprezentacją Polski na turnieju olimpijskim 1992 w Barcelonie zdobył srebrny medal, mimo że na turnieju nie rozegrał żadnego meczu. W seniorskiej reprezentacji Polski rozegrał 3 mecze. Debiut zaliczył dnia 23 marca 1994 roku na National Kaftanzogleio Stadium w Salonikach w bezbramkowo zremisowanym meczu towarzyskim z reprezentacją Grecji, zastępując w 80.