Od 1919 do dziś językiem wykładowym jest estoński, choć w okresie okupacji sowieckiej, część przedmiotów wykładano po rosyjsku.
Uniwersytet Dorpacki zarówno pod rządami szwedzkimi, jak i przez większość okresu rządów carskich posiadał dużą autonomię w zakresie doboru kadr i kształcenia, a nawet utrzymywania policji uczelnianej, zastępującej w znacznym stopniu policję carską. Był też jedyną na terenie państwa rosyjskiego uczelnią kształcącą teologów (w tym pastorów) protestanckich. Od 1831, w związku z likwidacją przez władze carskie Uniwersytetu Wileńskiego i Uniwersytetu Warszawskiego, stał się głównym miejscem studiów Polaków z zaboru rosyjskiego, zarówno ze względu na przychylne Polakom stanowisko władz uczelni, jak i na opinię o wysokim poziomie kształcenia.
W czasach radzieckich Uniwersytet znany był przede wszystkim jako ośrodek radzieckiej myśli semiotycznej (tartuska szkoła semiotyki kultury).
Znani absolwenci