Na pierwszym posiedzeniu, odbytym 1 października 1817 r., towarzystwo przyjęło Ustawy Towarzystwa Filomatów, zawierające cel, zasady funkcjonowania oraz kwestie organizacyjne związku studenckiego, a także wybrało prezydenta, którym przez cały okres funkcjonowania towarzystwa był Józef JeżowskiA. Kamiński, op.cit. s. 289-291.. W początkowym okresie działania towarzystwo wyznaczyło sobie cel samokształceniowy, który w pełni ujęty został w tzw. Ustawach pierwszych: Ćwiczenia naukowe, mianowicie sztuka pisania, udzielanie wzajemnej w naukach pomocy są celem Towarzystwa FilomatycznegoMateriały do historii Towarzystwa Filomatów, wyd. S. Szpotański, S. Pietraszkiewiczówna, t. 1, Kraków 1920, s. 3..
Poza tym, studenci poprzez osiągnięcia naukowe chcieli zwrócić na siebie uwagę władz uniwersyteckich, aby zapewnić sobie w przyszłości posady nauczycielskie na uczelni lub w podległych jej szkołachWybór pism..., s. VII. Dodatkowym celem funkcjonowania związku było doskonalenie moralne, polegające na pracy nad własnym charakterem. Wzajemne relacje filomatów opierały się na równości wszystkich członków, przyjaźni, zaufaniu, wzajemnej pomocy.