Od 1997 roku, z inicjatywy ks. Józefa Wronkiewicza, wykonano wiele kolejnych renowacji. Uzupełniono brakujące odcinki chodnika procesyjnego wokół świątyni, wymieniono konstrukcję więźby dachowej i położono nową, specjalną dachówkę na całym kościele wraz z obróbką blacharską w miedzi. Następnie przemurowano sygnaturkę i naprawiono zniszczone zwieńczenia i szczyty kościoła. Przeprowadzono też czyszczenie i konserwację murów zewnętrznych.
W 2002 roku przeprowadzono generalny remont organów oraz wyremontowano i przebudowano budynek plebanii. W 2006 roku wyposażenie prezbiterium wymieniono na marmurowe, a 25 lutego 2007 roku biskup włocławski Wiesław Mering z biskupem seniorem Czesławem Lewandowskim dokonali uroczystej konsekracji ołtarza oraz poświęcenia ambony i miejsca przewodniczenia. W kolejnych latach wymurowano obok kościoła – nową dzwonnicę. 4 kwietnia 2016 roku metropolita lwowski abp Mieczysław Mokrzycki zainstalował w kościele relikwie I stopnia św. Jana Pawła II. 4 kwietnia 2017 roku do kościoła zostały wprowadzone relikwie bł. ks. Jerzego Popiełuszki.