W historii Secret Wars występują bohaterowie z pozostałych ówczesnych seriali animowanych Marvel Comics. Wszystkie postacie są rysowane tak samo, jak w innych kreskówkach. Fantastyczna Czwórka jest narysowana jednak inaczej, gdyż Semper Jr. nie lubił kreskówki Fantastyczna Czwórka. Poza wyglądem postaci zmieniono też aktorów podkładających im głosy. Jedynie Quinton Flynn powtórzył swoją rolę jako Ludzka Pochodnia.
Jeden ze Spider-Manów występujących w dwóch ostatnich odcinkach serialu, Iron Spider noszący srebrną zbroję zamiast zwykłego kostiumu, jest wzorowany na postaci z japońskiego serialu Spider-Man z 1978 roku, a także na Iron Manie. Także jego osobowość jest wzorowana na Iron Manie. Gigantycznego robot należący do Iron Spidera to ukłon do tego samego serialu, gdzie Spider-Man do dyspozycji miał gigantycznego transformującego się robota o imieniu Leopardon.
W odcinku The Sting of the Scorpion Spider-Man odpowiadając na pytanie Jamesona porównuje się do Kleszcza, tytułowego bohatera serialu animowanego nadawanego przez Fox Kids.
Odcinek Night of the Lizard był pokazywany parę miesięcy wcześniej przed premierą serialu jako reklama pierwszego sezonu.