Pod koniec grudnia 2024 Kononowicz trafił do szpitala, następnie został wprowadzony w stan śpiączki farmakologicznej. W lutym 2025 został umieszczony w hospicjum, gdzie zmarł 6 marca tego samego roku. Został pochowany 12 marca na cmentarzu parafialnym przy ul. św. Andrzeja Boboli w Białymstoku.
Kontrowersje wokół opieki nad Kononowiczem W 2022 był bohaterem jednego z odcinków programu Sprawa dla reportera, prowadzonego przez Elżbietę Jaworowicz. W sprawie emisji odcinka ukazującego sprawę Kononowicza Rzecznik Praw Obywatelskich zainterweniował w Krajowej Radzie Radiofonii i Telewizji, ponieważ uznał, że przedstawiane w programie treści nagrań często mają charakter wulgarny, przemocowy, a przede wszystkim uwłaczający godności tej osoby. KRRiT wszczęła postępowanie wyjaśniające.
Przedmiotem kontrowersji stała się opieka nad Kononowiczem ze strony ekipy kanału Mleczny Człowiek (na którym przez pięć lat publikowane były nagrania przedstawiające Kononowicza i którego właścicielem był Sławomir Nowak). Samozwańczy opiekunowie Kononowicza byli oskarżani m.in. o wykorzystywanie finansowe bohatera materiałów, poniżanie go oraz inwigilację. W tym czasie znacząco pogorszyły się stan zdrowia i mobilność Kononowicza.