Po zaciętym meczu Napredok przegrał 0-1 po golu strzelonym przez Argenta Beciriego w 51 min. meczu. Mimo to finał Pucharu Macedonii 2003/2004 pozostaje największym sukcesem w historii Napredoku, a za jednego z głównych architektów należy uznać Goce Toleskiego, strzelca 6 goli w pucharowych rozgrywkach. Przed sezonem 2004/2005 Napredok popadł w tarapty finansowe i został zmuszony do sprzedaży większości najlepszych piłkarzy – hitem transferowym było pozyskanie reprezentacyjnego bramkarza Jane Nikolovskiego, który rozegrał jednak w barwach Napredoku tylko 2 mecze. Drużyna, oparta na juniorach nie miała szans na skuteczną walkę o utrzymanie i z dorobkiem zaledwie 7 punktów spadła do Vtorej Ligi. W Pucharze Macedonii Napredok uległ w I rundzie Sileksowi Kratowo 0-3. Jednak i ten upadek był krótki – przed kolejnym sezonem wymieniony został cały zarząd klubu, a sytuacja finansowa ustabilizowana. Napredok zajął 2. miejsce w II lidze, promujące awansem – wyprzedzając na finiszu o dwa punkty Karaorman Struga. W pucharze krajowym Napredok pokonał Borec Wełes, ale w