Gen reporterowy – gen wizualizujący; jeden z rodzajów genów markerowych i markerów molekularnych, ważne "narzędzie" inżynierii genetycznej i biologii molekularnej. Wprowadza się go sztucznie na drodze genetycznej transformacji do organizmu-biorcy.
Dobrze dobrany gen reporterowy wykazuje następujące cechy: nie występuje naturalnie u organizmu-biorcy, pojawia się u niego dopiero w następstwie udanej transformacji dostarcza produktu dającego łatwo dostrzegalną fenotypową zmianę, np. powoduje syntezę jakiegoś barwnika albo świecenie nie powoduje żadnych zakłóceń fizjologicznych w organizmie-biorcy jego produkt jest stosunkowo nietrwały, kodowane przez ten gen białko zachowuje swoją aktywność po przyłączeniu do jego końca (N lub C) innego peptydu.
Zwykle przez gen reporterowy rozumiana jest właściwie część kodująca jakiegoś genu spełniającego powyższe warunki. Można przed wprowadzeniem go do organizmu-biorcy połączyć (zligować) gen reporterowy z promotorem innego genu, dającego trudno wykrywalny produkt.