Po objęciu urzędu prezydenta RP przez Aleksandra Kwaśniewskiego przejął po nim stanowisko przewodniczącego Komisji Konstytucyjnej Zgromadzenia Narodowego (którą kierował przez dwa miesiące).
Prezes Rady Ministrów (1996–1997)
Po dymisji Józefa Oleksego z funkcji premiera Aleksander Kwaśniewski powierzył Włodzimierzowi Cimoszewiczowi 1 lutego 1996 utworzenie nowego gabinetu, który został powołany 7 lutego. Jego gabinet urzędował od 7 lutego 1996. Z czasu tzw. powodzi tysiąclecia z lipca 1997 zapamiętano wypowiedź premiera na temat braku ubezpieczeń u poszkodowanych. Premier uznał ją później za niefortunną i publicznie przeprosił ofiary powodzi urażone jego sformułowaniem: to jest kolejny przypadek, kiedy potwierdza się, że trzeba być przezornym i trzeba się ubezpieczać, a ta prawda jest ciągle mało powszechna.
15 października 1996 został przewodniczącym (w randze ministra) nowo utworzonego Komitetu Integracji Europejskiej, odpowiedzialnego za przygotowanie Polski do negocjacji akcesyjnych z Unią Europejską. Funkcje rządowe sprawował do 31 października 1997.