Od 1990 „Informatyka” stała się niezależnym czasopismem, poddanym nowym warunkom komercyjnym. Drukujące ją wydawnictwo przekształciło się w „Wydawnictwo Czasopism i Książek Technicznych SIGMA-NOT Sp. z o.o” działające komercyjnie, koszty papieru zostały urealnione – znacząco wzrosły. Konieczne stało się pozyskiwanie sponsorów i reklamodawców. Możliwość publikacji w pismach zachodnich zmniejszyło podaż artykułów naukowych. Nowe były oczekiwania czytelników, mających do wyboru coraz więcej konkurencyjnych czasopism. Redakcja starała się podołać tym wyzwaniom merytorycznie i technicznie. Poprawiono jakość papieru i druku czasopisma (dotychczas siermiężną), zwiększono objętość, wprowadzono kolor, a od numeru 9. w 1996 dodano projektowaną graficznie okładkę. Od stycznia 1997 w „Informatyce” publikowano Biuletyn PTI.
Wydawanie czasopisma zostało nagle wstrzymane w styczniu 2001 z powodu braku pokrycia kosztów w przychodach ze sprzedaży oraz reklam. Ostatni numer został wydany z opisem: „Nr 11–12 listopad-grudzień 2000”.